2012-2013 eğitim-öğretim yılında faaliyete başlayan Prof. Dr. Fuat Sezgin İslam Bilim Tarihi Enstitüsü, Fuat Sezgin ekolünü devam ettirip geliştirecek, dünya çapında bilim tarihçilerinin yetişmesi ortamını sürekli diri tutmak amacıyla yola koyulmuştur.

Prof. Dr. Fuat Sezgin İslam Bilim Tarihi Enstitüsü’nde verilen yüksek lisans derslerinden bazıları, Arapça, İngilizce ve Almanca Bilim Tarihi Metinleri derslerinin yanı sıra İslam’da Teknoloji Tarihi, İslam’da Coğrafya ve Kartografya, Arap-İslam Bilimsel Edebiyatı, İslam’da Matematiksel Teoriler’dir.

Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi, Bilim Tarihi Bölümü’nde eğitim alan yüksek lisans öğrencilerinden hiçbir eğitim ödeneği talep etmemekte, ayrıca Prof. Dr. Fuat Sezgin İslam Bilim Tarihi Araştırmaları Vakfı tarafından bu öğrencilere burs verilmektedir. Böylelikle öğrencilerin sadece eğitimlerine yoğunlaşmaları hedeflenmiştir.